ArhaeoGene: Υπό διαδικασία τελικού ελέγχου το έργο ArchaeoGene
Στους παρακάτω συνδέσμους δίνονται 2 παρουσιάσεις που παρουσιάζουν το φυσικό αντικείμενο και συνοπτικά ορισμένα πρώτα αποτελέσματα του έργου.
ArhaeoGene: Υπό διαδικασία δημοσίευσης τα πρώτα αποτελέσματα μεταγονιδιωματικής της DNA Sequence για τον έλεγχο του φαινομένου της βιοδιάβρωσης, με απώτερο σκοπό την προστασία μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστική Κληρονομιάς.
ArchaeoGene: Παρουσίαση των πρώτων αποτελεσμάτων από την DNA Sequence και την Diagnosis Multisystems. Οι 2 εταιρείες παρέδωσαν ομιλίες στο επιστημονικό συνέδριο “The Arab Conference on Astronomy and Geophysics, 8th edition” που έλαβε χώρα στο Κάιρο της Αιγύπτου στις 9-12 Οκτωβρίου 2023, από το Εθνικό Ινστιτούτο Ερευνών Αστρονομίας και Γεωφυσικής (National Research Institute of Astronomy and Geophysics).
ArchaeoGene: Επίσκεψη & Διενέργεια δειγματοληψίας της DNA Sequence στην αρχαιολογική ανασκαφή των κήπων Shallalat στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου.
Η DNASequence είναι στην ευχάριστη θέση να ανακοινώσει την ολοκλήρωση δειγματοληψιών στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου και συγκεκριμένα στην αρχαιολογική ανασκαφή του Ελληνικού Ινστιτούτου Έρευνας Αλεξανδρινού Πολιτισμού στους Κήπους Σαλαλάτ. Η δειγματοληψία έλαβε χώρα στα πλαίσια του ερευνητικού έργου Archaeogene (ΕΔΚ Β’ κύκλος) ενώ θα ακολουθήσει απομόνωση του γενετικού υλικού των δειγμάτων, μεταγονιδιωματική και βιοπληροφορική ανάλυση. To έργο ArchaeoGene συγχρηματοδότηση από την Ελλάδα και της Ευρωπαϊκής Ένωση.
ArchaeoGene: Διενέργεια Μη-Καταστροφικών μετρήσεων από την Diagnosis Multisystems σε χώρους της ανασκαφής των κήπων Shallalat στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου.
Η εταιρεία Diagnosis Multisystems, στα πλαίσια του έργου ArchaeoGene επισκεύτηκε την ανασκαφή που ηγείται η Καλλιόπη Λημναίου-Παπακώστα και πραγματοποίησε μη-καταστροφικές μετρήσεις με τεχνολογίες όπως: Μετρήσεις υπερήχου, Μικροκυματική τηλεπισκόπηση, Υπερηχητική τομογραφία , Φασματοσκοπία Raman, Φασματοσκοπία Υπερύθρου (FTIR) και Φασματοσκοπία διάχυτης ανάκλασης UV/VIS.
Έρευνα: Proof of Concept Μεταγονιδιωματική ανάλυση σε δομικά υλικά του Ναού του Παναγίου Τάφου της Ιερουσαλήμ.
Η δημοσίευση της μελέτης έγινε με τη συνεργασία της DNA Sequence και του Εθνικού Μετσόβειου Πολυτεχνείου.
Έρευνα: Proof of Concept ανάλυση με long-read DNA sequencing σε αρχαιολογικό δείγμα φυτικής βιομάζας.
Επιστημονική δημοσίευση από την DNA sequence σε δείγμα φυτικής βιομάζας από κεραμικό αγγείο της Μυκηναϊκής περιόδου. Το δείγμα προήλθε από την αρχαιολογική ανασκαφή στο Καστρούλι, Φωκίδα (Ελλάδα).
Archaeogene
Το ArchaeoGene αφορά την ανίχνευση και συστηματική καταγραφή της μικροβιακής χλωρίδας και βιοποικιλότητας σε μία αρχαιολογική ανασκαφή, σαν μοντέλο πρωτοποριακής έρευνας και ανάπτυξης στο γενικότερο πεδίο της αρχαιολογίας. Σημειώνεται ότι το πεδίο βρίσκεται σε εμβρυακό επίπεδο, με ευρύτατες προοπτικές, δεδομένου ότι το πιό διάσημο παράδειγμα αρχαιολογικής ανασκαφής ανατρέχει στον 12ο μ.Χ. αιώνα, σε ευρωπαϊκό έδαφος. Με μεθόδους μεταγονιδιωματικής, θα επιτευχθεί η ακριβής ανίχνευση της βιοποικιλότητας, καθώς και η αναζήτηση για άλλα ίχνη αρχαιολογικού ενδιαφέροντος, σε ανασκαφή που ανατρέχει σχεδόν σε χίλια χρόνια νωρίτερα, για πρώτη φορά, παγκοσμίως.
Τι είναι το Archaeogene
Αντικείμενο του ArchaeoGene είναι ο σχεδιασμός και η αξιολόγηση ολοκληρωμένου πρότυπου συστήματος εφαρμογής του metagenomics of built environments στις αρχαιολογικές ανασκαφές, σε μορφή τεχνολογικής ανάπτυξης και υπηρεσιών πληροφορικής. Το σύστημα με κωδικό Camber4 (αφορά στην καταγραφή των μικροβιακών κοινοτήτων στο υπέδαφος πέριξ της αρχαιολογικής ανασκαφής και στις κατασκευές ή άλλα ευρήματα). Οι μελέτες που εκτελούνται παγκοσμίως είναι κατά κύριο λόγο περιοχές υψίστου ενδιαφέροντος, με πολλά μνημεία και ευρήματα υπό την αιγίδα και προστασία της UNESCO. Τα αποτελέσματα που λαμβάνονται με αυτή την προσέγγιση έχουν εξαιρετικό ενδιαφέρον, όχι μόνο για την εξαγωγή συμπερασμάτων στην αρχαιολογία αλλά και την προστασία και συντήρηση των ευρημάτων. Οι νέες τεχνολογίες δίνουν τη δυνατότητα καταγραφής της βιοποικιλότητας και την ακριβή ποσοτικοποίησή της σε κάθε αρχαιολογική έρευνα, βάσει συγκεκριμένων γονιδίων-βιοδεικτών μέχρι την πλήρη αποκωδικοποίηση νέων γονιδιωμάτων. Οι δειγματοληψίες μπορεί να γίνουν σε χωρικά πεδία ή κατά τη διάρκεια μιας χρονικής περιόδου, ενώ συσχετίσεις του γενετικού υλικού με άλλες παραμέτρους δίνουν κατευθύνσεις για βέλτιστη και αποτελεσματικότερη προστασία. Ο τύπος της μικροβιακής κοινότητας κατευθύνει την εξαγωγή και τεκμηρίωση συμπερασμάτων για διατροφικές ή επιδημιολογικές λεπτομέρειες καθώς και την προστασία ή την συντήρηση.
Στόχος του Archaeogene Project
Το ArchaeoGene θα αποτελέσει πρότυπη δράση αριστείας σε εθνικό επίπεδο με παγκόσμια εμβέλεια, λόγω της εξαιρετικής σημασίας της αρχαιολογικής έρευνας για τη χώρα και την παγκόσμια κοινότητα. Βασίζεται στην πρωτοποριακή, για εθνικά και διεθνή δεδομένα, διεπιστημονική έρευνα και ανάπτυξη στον χώρο της εφαρμογής της μεταγονιδιωματικής του τεχνητού περιβάλλοντος στην αρχαιολογική ανασκαφή, με τησυνεισφορά επιστημόνων στις βιο-επιστήμες, αρχαιολογία και πληροφορική
Το ArchaeoGene θα επικεντρωθεί στα κάτωθι:
- Σχεδιασμό της στρατηγικής για τις δειγματοληψίες & τον καθορισμό πρωτοκόλλων
- Εκτέλεση βιοπληροφορικής ανάλυσης για την περαιτέρω ερμηνεία των δειγμάτων
- Ανάπτυξη ολοκληρωμένης μεθοδολογίας για τη μετάφραση των αποτελεσμάτων στη συγκεκριμένη
ανασκαφή, με την καταγραφή αρχαιολογικών μετα-δεδομένων.
Συμμετέχοντες
Στο έργο συνεργάζονται οι εταιρείες, DNAsequence SRL Hellas και DiagnosisMultisystems
Η DNAsequence SRL Hellas ως εταιρεία βιοτεχνολογίας, προσφέρει υψηλή τεχνογνωσία και εξειδικευμένες υπηρεσίες στους αντίστοιχους τομείς της, όπως: βιοπληροφορική και μετά-γονιδιωματικές τεχνολογίες.
Η εταιρεία DiagnosisMultisystems διαθέτει εμπειρία στη διαχείριση.
Υπεργολάβος του έργου είναι το https://hriac.com